ביום 2.3.2022 הגיש המוקד עתירה מתוקנת לבג"ץ, בדרישה שזימון לחקירה יהווה האמצעי העיקרי להבאתם לחקירה של ילדים פלסטינים תושבי הגדה המערבית במקום מעצרם היזום והטראומטי באישון לילה המשמש את כוחות הביטחון כאמצעי שגרתי ואכזרי להבאתם של ילדים לחקירה. בנוסף דרש המוקד את שינויו של הנוהל החסוי לעניין "זימון קטינים חשודים לפני מעצר יזום באזור יהודה ושומרון", אשר גובש בשנת 2021 במסגרת עתירתו הקודמת של המוקד בעניין; נוהל אשר המדינה הבהירה כי לא יחול על ילדים "הדרושים לחקירה שלא על ידי משטרת ישראל", כאלו הנחשדים ב"עבירות חמורות" או "בעלי עבר פלילי בעבירות חמורות".
ביום 4.8.2022 הגישה המדינה את תגובתה לעתירה המעודכנת, בה טענה כי אין עילה להתערבות שיפוטית, שאין כל חובה חוקית להימנע ממעצרי לילה, וכן שמעולם לא היתה כל כוונה שתהיה לנוהל השפעה נרחבת על היקף ביצוע מעצרי ילדים בגדה.
על פי דו"ח שפרסם המוקד בעניין, אכן דבר לא השתנה בשטח, וגם בשנת 2022 המשיכה המדינה לנקוט במעצרי לילה של ילדים אשר רובם כלל לא נחשדו בעבירות חמורות, כפי שעלה מכך שכמעט כולם שוחררו זמן קצר לאחר המעצר, וללא שהוגש נגדם כתב אישום. למעשה, סיכם המוקד, ברור כי מדובר במדיניות של מעצרים שרירותיים אשר ככל הנראה תכליתה להטיל אימה על האוכלוסיה האזרחית.
בתום הדיון בעתירה, הציע בית המשפט למדינה ביום 29.5.2023, "לשקול אפשרות לחשיפת הנוהל במלואו וכן לשקול לתקנו באופן שייצור הבחנה בין גילאים שונים של קטינים לעניין הוראות הנוהל".
ביום 3.8.2023 הודיעה המדינה בתגובתה כי הוחלט לאשר את פרסומו של הנוהל "בכפוף להשחרתו במספר מקומות (בנוהל עצמו ובנספחיו) הנובעת מאילוצי בטחון מידע". כן עדכנה המדינה כי בעקבות הערות בית המשפט הוספו לנוהל שלושה סעיפים: 3(ג) הקובע כי יינתן משקל נוסף לגילו של הקטין בעת קבלת ההחלטה על אופן הבאתו לחקירה; 3(ד) לפיו מעצר לילי יזום ישמש המוצא האחרון במקרה שמדובר בקטין שעדיין לא מלאו לו 14; 5(א) בו נקבע כי בתיק של קטין הדרוש למעצר או חקירה משטרתיים, על החוקר המטפל בתיק להתייחס לשאלה "האם נדרש למעצר יזום של הקטין או שניתן לזמן אותו לחקירה". משכך, טענה המדינה כי דין העתירה להידחות.
חרף תגובת המוקד מיום 10.9.2023 בה עמד על הפגמים הרבים בנוהל והבעייתיות שביישומו, ביום 25.10.2023, ובצילה של המלחמה הנוראה שפרצה שבועות מעטים לפני כן, מחק בג"ץ את העתירה בקבלו את עמדת המדינה לפיה העתירה מיצתה את עצמה, וזאת לאחר ש"המשיבים נענו באופן חלקי למבוקש בה, קבעו נוהל חדש לזימון קטינים לחקירה, ובעקבות הערות שהשמענו אף הכניסו בנוהל תיקונים והורו על פרסומו לציבור (בכפוף להשחרת פרטים מסוימים מטעמי ביטחון מידע)". בית המשפט הוסיף כי "...יש להמתין לראיות וממצאים בנוגע לאופן יישומו [של הנוהל] בטרם נוכל לבחון אם נותרו היבטים המצדיקים את התערבותו של בית משפט זה" והבהיר כי העותרים יוכלו לשוב ולפנות לבית המשפט "ככל שבהמשך הדרך יתעוררו טענות באשר לנוהל העדכני בהינתן אופן יישומו".