המוקד להגנת הפרט הוא ארגון עצמאי, א-מפלגתי ובלתי תלוי. כחלק מהשמירה על עצמאותו מקפיד המוקד שלא לקבל תרומות ישירות או עקיפות מגופים ממשלתיים ישראליים או פלסטיניים. החוק הישראלי מחייב את כל העמותות הישראליות לדווח על תרומות מממשלות זרות בגובה של למעלה מ־20 אלף ₪. המוקד פועל על פי חוק, ומפרסם את המידע מתוך שקיפות מלאה הן באתר האינטרנט והן בדיווחים שוטפים לרשם העמותות.