האגודה לזכויות האזרח, המוקד להגנת הפרט, עדאלה, רופאים לזכויות אדם והוועד נגד עינויים עתרו ביום 25.10.2023 לבג"ץ, בדרישה לעצור את הפגיעה בזכויות היסוד של האסירים הביטחוניים שנשפטו ונעצרו עוד לפני המלחמה. לטענת הארגונים, מדיניות החירום נקבעה בניגוד להוראות פקודת בתי הסוהר וגורמת לפגיעה קשה ומתמשכת בבריאותם ובתנאי המחייה המינימליים של האסירים, שהמדינה מחויבת לספק.
בעתירה מתייחסים הארגונים לשלילת זכותם של האסירים לשוחח עם עורכי דין, לניתוקי חשמל ומים למשך שעות ארוכות, למניעת גישה לטיפול רפואי ועוד, לצד דיווחים על אלימות קשה. הארגונים מציינים כי מדובר במדיניות העולה כדי ענישה אכזרית, שהופעלה בחוסר שקיפות מוחלט, מכוח הוראות שניתנו במחשכים, מבלי לפרסם את מתווה המדיניות או את מטרותיה. בעתירה נטען כי ההגנה על זכויות האסירים ומניעת שלילה שרירותיות של זכויות גם ובמיוחד בעתות מלחמה היא תנאי הכרחי לשמירה על חברה תרבותית, המגינה גם על זכויותיהם של מי שפשעו נגדה.