המוקד בעתירה לביטול תיקון החוק המאפשר שלילה של מעמד קבע מתושביה הילידים של ירושלים המזרחית: "מדובר בחוק לא חוקתי, קיצוני... והוא יהווה כתם על ספר החוקים של ישראל כל עוד יוותר שם"

במרץ 2018 נכנס לתוקפו תיקון לחוק הכניסה לישראל (סעיף 11א לחוק) המסמיך את שר הפנים לשלול מעמד קבע של פלסטינים מירושלים המזרחית בנימוק של הפרת אמונים ובכך להביא לגירושם מעיר הולדתם הכבושה והמסופחת. עד כה גירשה ישראל מתוקף החוק המתוקן פלסטיני אחד מירושלים המזרחית, וזאת למרות מאמצי המוקד לבטל את רוע הגזירה. בנוסף, שללה ישראל מתוקף התיקון לחוק את מעמד הקבע של חמישה פלסטינים ירושלמים אחרים (כך על פי נתוני משרד הפנים שנמסרו לבקשת המוקד), ונתנה להם תחתיו "מעמד ארעי" כקבוע בתיקון לחוק, לפיו יש לתת "רישיון לישיבה בישראל" למי שנותר לאחר השלילה ללא מעמד קבע מחוץ לישראל.

כבר בספטמבר 2019 עתר המוקד להגנת הפרט לבג"ץ בשמם של כמה מאלו שתושבותם נשללה מכוח החוק, ובתוך כך דרש לבטל את תיקון החוק עצמו. אולם, המוקד נאלץ למשוך את העתירות מאחר שבית המשפט ביקש להכריע קודם לכן בעניין משיק: חוקתיותו של סעיף 11(ב)(2) לחוק האזרחות המתיר שלילת אזרחות בשל "הפרת אמונים למדינה". ואכן, ביום 21.7.2022 הכריע בית המשפט העליון (בעניין זיוד) כי אין פסול חוקתי בשלילת אזרחות ובלבד שינתן מעמד חלופי קבוע למי שבוטלה אזרחותו. בהמשך לכך, פנה המוקד לשרת הפנים, לכנסת, וליועצת המשפטית לממשלה בדרישה חוזרת לביטול סעיף 11א לחוק הכניסה לישראל, אך לא נענה. 

משכך, ביום 27.2.2023 עתר המוקד להגנת הפרט, באמצעות עורכת הדין עדי לוסטיגמן, לבג"ץ, בדרישה לביטול התיקון לחוק, בהיותו בלתי מוסרי, בלתי חוקתי ומנוגד באופן בוטה לעקרונות יסוד הקבועים בדין הבינלאומי להם מחוייבת ישראל, וכן למשפט הבינלאומי ההומניטארי. המוקד טען כי התיקון אינו עומד בתנאי פסקת ההגבלה הקבועה בחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו, שכן תכליתו אינה ראויה, הוא אינו הולם את ערכיה של מדינת ישראל ואינו עומד גם במבחני המידתיות. המוקד טען כי התיקון לחוק פסול, בין היתר, משום שתכליתו אינה שמירה על שלום הציבור או ביטחונו, אלא הטלת ענישה יתרה וחריגה במסגרת דיני ההגירה והמעמד, במקביל ובנוסף לענישה בדרך המלך, מתוקף הדין הפלילי. 

המוקד טען כי התיקון לחוק מהווה פגיעה בלתי מידתית בפלסטינים מירושלים המזרחית, המוכרים כאוכלוסייה ילידית ומהווים אוכלוסייה "מוגנת" על פי דיני הכיבוש החלים בירושלים המזרחית. לרוב האוכלוסייה הפלסטינית בירושלים אין כל מעמד אחר בעולם והיא מעולם לא נדרשה ואף לא ניתן לכפות עליה חובת אמונים למדינת ישראל. המוקד הרחיב על כך לאור פסיקת זיוד: "משנקבע... כי התכלית ההצהרתית היא התכלית המרכזית של דרישת שמירת האמונים, אין אפשרות לטעון כי היא תכלית ראויה בהקשר של תושבי ירושלים המזרחית, שאינם אזרחים"; שכן מדובר באוכלוסייה אשר אין ליטול ממנה את מעמדה ואשר צריכה להיות חסינה מפני גירוש. המוקד הדגיש שמעמד קבוע לאדם במקום כלשהו בעולם הינו זכות בסיסית בה תלוי מימושן של קשת של זכויות יסוד, והעדרו הוא מצב פסול הפוגע בכבוד האדם, זכותו לשוויון, הזכות לחופש תנועה, לחיי משפחה ועוד. המוקד הוסיף כי "גם אם ייפסק, כי פגיעה באחת מן הזכויות כשלעצמה אינה עוברת את סף אי-החוקיות, הרי שהצטברות הפגיעות מביאה אותנו בוודאי לסף זה". המוקד אף ציין כי ביקורת שיפוטית לגבי עניין קיצוני זה הינה חיונית, ו"ביתר שאת כאשר הפגיעה היא בנתינים שאינם יכולים להצביע לכנסת ואין להם שום ייצוג...".