משרד הפנים קבע בנוהל, כי אין להרחיק אדם מישראל בעת שמתנהלים בעניינו הליכים במשרד הפנים. תכלית הנוהל היא להגן על אדם מפני גירוש, כל עוד לא התקבלה הכרעה בעניינו. למרות שהנוהל אמור להגן, בין השאר, גם על פלסטינים מפני גירוש, נתקל המוקד להגנת הפרט במספר מקרים בהם המשטרה וכן שירות בתי הסוהר (שב"ס) הרחיקו פלסטינים לגדה המערבית ולרצועת עזה, על אף שבקשה לאיחוד משפחות (אחמ"ש) מתנהלת בעניינם במשרד הפנים.
במקרה אחד שבטיפול המוקד, הגיעה המשטרה למקום עבודתו של פלסטיני הנשוי לתושבת ישראל, עצרה אותו בטענה כי הוא שוהה בלתי חוקי והעבירה אותו לגדה המערבית. זאת על אף שהתנהלו בעניינו במשרד הפנים מספר הליכים הקשורים בבקשת אשתו, כאמור תושבת ישראל, לאיחוד משפחות עימו. רק לאחר שהמוקד עתר לבית המשפט המחוזי, פסלה השופטת את החלטת הגירוש וקבעה כי "לא ניתן היה להרחיק את העותר בטרם תינתן החלטה".
במקרה אחר העביר השב"ס לרצועת עזה – בכפייה – פלסטיני שבקשת אשתו לאיחוד משפחות עימו התנהלה במשרד הפנים, זאת לאחר שבמשך יום שלם התעלם השב"ס מהצהרות האיש על כך שהוא חי מזה שנים בירושלים המזרחית, עם משפחתו, מתוקף בקשה לאחמ"ש. במקרה זה בחר בית המשפט שלא להתערב בהחלטת הגירוש, והותיר את הבעל בעזה, הרחק מאשתו ושלושת ילדיו הקטנים.
ביום 29.8.2012 פנה המוקד למשרד הפנים, למשטרת ישראל ולשב"ס בעניין הפרת הנוהל, ודרש כי יינקטו צעדים אופרטיביים שימנעו מקרים עתידיים של גירוש בניגוד להנחיות משרד הפנים.
בפנייה למשרד הפנים הדגיש המוקד כי על המשרד לעדכן את גורמי האכיפה בעניין הנוהל, וכן לדאוג לעדכן את מסופי המחשב הרלבנטיים, בזמן אמת, בכל מקרה בו מתנהלת בקשה במשרד הפנים, על מנת למנוע את הגירוש. כמו כן ציין המוקד, כי לעיתים אין די בהצגת אישור על הגשת בקשה במשרד הפנים כדי למנוע את הגירוש, ולפיכך הציע כי משרד הפנים יצייד כל מגיש בקשה רלבנטית במסמך, בו יצוין במפורש כי אין לבצע פעולות אכיפה נגד המחזיק במסמך זה, כל עוד מתנהלת בקשתו במשרד הפנים.
בפנייה למשטרה ביקש המוקד לערוך רענון של הנהלים הרלבנטיים אצל השוטרים, ולהגביר את המודעות של גורמי האכיפה באשר לנוהל האוסר על הרחקה. כמו כן הדגיש המוקד, כי לפי חוק הכניסה לישראל, גירושו של אדם מישראל מותנה בעמידה בשורה של פרוצדורות מקדימות, ביניהן עריכת שימוע, במהלכו יוכל אדם להשמיע את טענותיו. לסיום ביקש המוקד מהמשטרה לפעול לתיאום מול משרד הפנים, כך שבכל מקרה בו תלויה ועומדת בקשה במשרד הפנים, תוזן במחשב הערת "מנוע גירוש" ליד שמו של האיש.
בפנייה לשב"ס עמד המוקד על הבעייתיות בכך שפקודת נציבות השב"ס, העוסקת בשחרור אסירים, ונוהל השב"ס, העוסק בשחרור אסירים תושבי השטחים הכבושים למחסומים, אינם מתייחסים כלל לשאלת חוקיות שהייתו בישראל של אסיר משתחרר, ואינם מורים לבדוק אם מתנהלת בעניינו בקשה במשרד הפנים. המוקד הדגיש את חשיבות ההקפדה על נוהל משרד הפנים בנושא האיסור על הרחקת אדם שבקשתו מתנהלת, וביקש מהשב"ס לתקן את נהליו כך שלפני החלטה על מקום שחרורו של האסיר (ישראל, הגדה המערבית, רצועת עזה וכיוב'), ייבדק אם מתנהלת בעניינו בקשה במשרד הפנים.
המוקד להגנת הפרט מבקש להזכיר, כי נוהל איסור ההרחקה אינו רק דיו על הדף, אלא יש לו השלכות מעשיות ומהותיות על חייהם של בני אדם החיים בישראל. המוקד קורא לרשויות הישראליות לפעול לשם מימוש ההגנה שמקנה הנוהל, ולמנוע מצב בו כשלים אדמיניסטרטיביים וחוסר מודעות מובילים לגירושם של אנשים השוהים בישראל כדין.
