במסגרת עתירת המוקד וארגונים נוספים בעניין ההגבלות הרבות החלות על אוכלוסיית "מנועי השב"כ, דן בית המשפט בבקשת העותרים להשיב על כנו את הנוהל, לפיו תושב השטחים המבקש לצאת לחו"ל יוכל לברר אם קיימת נגדו "מניעה ביטחונית" עוד בטרם הגיע לגשר אלנבי. הנוהל בוטל בתחילת האינתיפאדה השנייה, בשנת 2000, ופניות המוקד לחזור לפעול לפיו נדחו על ידי הצבא. בהיעדר נוהל כזה, תושב המבקש לצאת את השטחים מגלה כי הוא "מנוע" מסיבה ביטחונית רק בהגיעו למעבר הגבול, מצב המלווה בעוגמת נפש רבה ובהוצאות מיותרות.
בתגובתם לעתירה טענו המשיבים, כי מתגבש נוהל חדש שיאפשר את בירור "המניעה הביטחונית" טרם היציאה לחו"ל. לאחר הדיון בעתירה, הורה בית המשפט למשיבים להציג נוהל זה וקבע שלעותרים תינתן האפשרות להגיב על הנוהל שיוצע. ביום 21.2.08 שלח המשיב את הנוהל החדש. עוד בטרם חלפו 30 הימים שניתנו לעותרים להגיש את תגובתם, ובטרם החליט בית המשפט בנושא, החל הצבא מיישם את הנוהל החדש. יתרה מזאת, מלשכת יועמ"ש המשיב נשלח מכתב לארגונים, לפיו לאור הנוהל החדש לא יטופלו עוד עררים הנוגעים למנועי יציאה לחו"ל.
ביום 20.2.08 הגישו העותרים את תגובתם לנוהל. במסגרת התגובה ונוכח העובדה שחוקיותו של הנוהל לא נדונה בטרם החל הצבא ליישמו, ביקשו העותרים מבית המשפט להוציא צו ביניים שיקפיא את הנוהל עד להחלטה בעתירה. ביום 26.3.08 הגישו העותרים בקשה למתן החלטה בנוגע לצו הביניים, וזאת לאור העובדה שהמשיב הפסיק לטפל בפניות הארגונים ודורש כי הפונים יתחילו את תהליך הבירור מחדש על פי הנוהל החדש. יועמ"ש המשיב אף הבהיר לארגונים, למען הסר ספק, כי גם תושבים אשר הוחזרו לאחרונה מהגשר נדרשים להתחיל את הליך הבירור מחדש במסגרת הנוהל החדש. זאת למרות שהשלב הראשון במסגרת ההליך החדש, שמשכו עד 6 שבועות, נועד לבירור מראש האם קיימת מניעה ליציאתו לחו"ל של האדם. מדוע אם כן נדרש אדם שיציאתו לחו"ל כבר סורבה - והוא הוחזר מהגשר - להתחיל בתהליך ארוך זה? למשיבים פתרונים.
בעקבות ההתפתחויות שלעיל, הגיש המוקד להגנת הפרט ביום 23.3.08 עתירה בעניינו של תושב ג'נין, אשר הוחזר מהגשר עקב "מניעה ביטחונית" העומדת נגדו. זוהי עתירה ראשונה של תושב אשר נפגע מההשלכות של יישום הנוהל החדש שהנהיג הצבא. העותר היה בדרכו לירדן ומשם לדובאי לצרכי עבודה. בניסיון לפתור את הבעיה ללא צורך בעתירה לבג"ץ, וכפי שפעל פעמים רבות, פנה המוקד ליועמ"ש המשיב בעניינו של האיש לאחר שהוחזר כלעומת שבא מגשר אלנבי, אך מלשכת היועמ"ש התקבלה תשובה כי הוא מסרב לטפל בפנייה בהתאם לשינוי שחל בנוהל. למוקד לא נותר אלא לפנות לבית המשפט בעניין.
בעתירה מבהיר המוקד כי למעשה, על מנת לשמור על האפשרות לערער על "המניעה הביטחונית", כופה הצבא על המבקשים לצאת לחו"ל לפעול על פי נוהל "הבירור המוקדם" החדש. דהיינו, מי שפנה ישירות לגשר אלנבי ושם נמנעה יציאתו עקב "מניעה ביטחונית", אין לו אפשרות לערער על ההחלטה. מובן כי הרעיון לפיו אדם המבקש לצאת לירדן בדחיפות, ואשר קיבל כבר הודעת סירוב, ייאלץ להתחיל בהליך המתמשך של "בירור מוקדם" כתנאי לבחינה נוספת של בקשתו, הוא אבסורדי, ומותיר רק את האפשרות לפנות בדחיפות לבית המשפט.
לצפייה בעתירה מיום 23.3.08 (בג"ץ 2660/08)
לצפייה בתגובת הארגונים מיום 20.2.08 (בג"ץ 8155/06)
לצפייה בתגובת המדינה ובנוהל מיום 21.1.08 (בג"ץ 8155/06)
לצפייה בהחלטת ביהמ"ש מיום 1.8.07 (בג"ץ 8155/06)
לצפייה בעתירה מיום 5.10.06 (בג"ץ 8155/06)