רקעביום 6 בספטמבר 1999, נתן בג"ץ את פסק דינו בסוגיית השימוש בעינויים במהלך חקירות השב"כ. בהרכב מיוחד של 9 שופטים דן בג"ץ במספר עתירות – בהן גם עתירות של המוקד להגנת הפרט – אשר הוגשו בעקבות שימוש באמצעים פיסיים ופסיכולוגיים העולים כדי עינויים, במהלך חקירות של פלסטינים על ידי השב"כ.
בג"ץ התייחס במפורש לשיטות חקירה שהיו נהוגות באותה תקופה (כגון "טלטול", החזקה בתנוחת "שאבח" ו"כריעת צפרדע") וקבע כי אינן חוקיות.
כן ציינו שופטי בג"ץ כי המשפט הבינלאומי ההסכמי - אשר ישראל צד לו - אוסר על שימוש בעינויים, ביחס אכזרי ולא אנושי וביחס משפיל. איסורים אלה הם מוחלטים. אין להם חריגים, ואין בהם איזונים. עם זאת, נמנע בג"ץ מלקרוא במפורש לשיטות החקירה של השב"כ בשמן -עינויים.
לפירוט בנושא שיטות העינויים הנהוגות בחקירות השב"כ ראו
דו"ח בצלם "עינויים כשיגרה: שיטות החקירה של השב"כ" לפסק הדין של בג"ץ (בג"ץ 5100/94 - הוועד הציבורי נגד עינויים ואח' נ' ממשלת ישראל ואח') לאמנה נגד עינויים ונגד יחס ועונשים אכזריים, בלתי אנושיים או משפילים לדו"חות הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל:
"פרצות בהגנה: עינויים והתעללויות בחקירות השב"כ לאחר פסיקת בג"ץ 6/9/2001 – 6/9/1999", ו
"חזרה לשגרת העינויים: ספטמבר 2001 – אפריל 2003" עניינו של התובע בת.א. 1278/05בבוקר יום 3.1.98 נסע התובע - תושב הכפר בני נעים שבנפת חברון, בן 23 באותה עת - ללימודיו באוניברסיטה ברמאללה. במחסום ליד כפרו עצרו חיילים את המונית בה נסע, לבדיקה. התובע הורד מהמונית, נעצר והועבר לתחנת המשטרה בקרית ארבע ולאחר מכן לתחנות משטרה נוספות. ביום 8.1.98 הועבר התובע לאגף החקירות של השב"כ בכלא שקמה באשקלון.
מייד עם העברתו לאגף החקירות החלו חוקרי השב"כ להפעיל על התובע מסכת של עינויים, איומים והשפלות. בין היתר, הוחזק התובע בתנוחת "שאבח" במהלך ימים ולילות רצופים. במהלך החזקתו בתנוחה זו, כאשר ניסה התובע לישון, היה אחד החוקרים בועט בו או שופך עליו מים קרים. ה"שאבח" היה מלווה לרוב בחשיפת התובע לרעש חזק במיוחד משך שעות ממושכות, ולעתים גם בחשיפה פתאומית לקור עז זמן ממושך.
אמצעי עינויים נוספים שהופעלו כלפי התובע היו החזקה ב"תנוחת הצפרדע" ("קמבז"), איומים, השפלות, קשירות בתנוחות מכאיבות, טלטולים, מכות ובעיטות, החזקה בבידוד תקופה ממושכת והחזקה בתנאים קשים וללא ביגוד נאות בתקופה של מזג אוויר חורפי.
פניית המוקד לערכאות משפטיותביום 15.1.98 הגיש המוקד עתירה לבג"צ שעניינה הפסקת העינויים שהופעלו על התובע. בעקבות הגשת העתירה הודיע ב"כ המדינה כי "לעת עתה לא נעשה כל שימוש באמצעים פיסיים כלפי העותר, כולל השימוש בכסא הנמוך ויתר האמצעים אשר תוארו בעתירה". לאור הודעה זו הסכים המוקד למחיקת העתירה, וזו נמחקה ביום 19.1.98.
לצפייה בעתירה: בג"ץ 320/98 – מנסארה ואח' נ' שרות הבטחון הכללי ביום 27.1.98, לאחר שהעינויים והאמצעים הפיסיים שהופעלו נגד התובע, לרבות מניעת שינה, נמשכו, הגיש המוקד עתירה נוספת שעניינה הפסקת האמצעים המתוארים כלפי התובע. מייד עם הגשת העתירה הודיע ב"כ המדינה כי הוא מסכים לאפשר לתובע שעות שינה סבירות מדי יממה. בעקבות זאת הגיש המוקד בקשה למחיקת העתירה וביום 6.2.98 ניתנה החלטה המורה על מחיקתה.
זמן קצר לאחר יום מחיקת העתירה השנייה, הגיע מידע לבני משפחתו של התובע על אשפוזו במחלקה הפסיכיאטרית בכלא איילון ברמלה. בא כוחו של התובע, אשר כבר ביקרו בעבר, הגיע ביום 5.3.98 לכלא, אך התובע לא זיהה אותו. מעיון בחומר הרפואי בעניינו של התובע, עולה כי ביום 6.2.98 הוא הועבר לכלא קישון בחיפה ומאוחר יותר אושפז בבית חולים רמב"ם בחיפה עקב אירוע של תקיפת איש הצלב האדום ובשל חשד למצב פסיכוטי שגרם לכך. ביום 27.2.98 אושפז התובע במחלקה הפסיכיאטרית הסגורה בכלא איילון ברמלה עפ"י צו הסתכלות של בית משפט צבאי וביום 23.4.98 שוחרר מהכלא בהיותו לא כשיר לעמוד לדין. יצוין, כי התובע נלקח למעצר כאשר הוא בריא בגופו ובנפשו וללא שסבל מבעיות או מחלות כלשהן. כאשר שוחרר התובע הוא היה שבר כלי. הוא לא שיתף פעולה עם הסביבה, סבל ממצב של חרדה, הפרעות בשינה, חוסר תיאבון ועבר לטיפולו של ד"ר מחמוד סחוויל, פסיכיאטר מהמרכז לטיפול בקורבנות העינויים ברמאללה. למרות השיפור הרב שחל במצבו של התובע מאז שוחרר ממעצרו, הוא עדיין מטופל במרכז זה עד היום.
ביום 9.1.05 הגיש המוקד תביעה לפיצויים נגד המדינה בגין נזקיו של התובע בעקבות העינויים שעבר: כאב וסבל ונזק נפשי, אובדן השתכרות והוצאות טיפולים רפואיים. התביעה קובעת כי מעשיהם של החוקרים במהלך מעצרו וחקירתו של התובע מהווים עוולה של תקיפה, וכי המדינה אחראית בגין מעשים אלה, לאור ההנחיות שניתנו לחוקרי השב"כ אשר התירו, מראש או בדיעבד, הפעלת אמצעים פיסיים בחקירה. כן מייחסת התביעה למדינה, באחריות ישירה ושילוחית, עוולה של רשלנות, והפרה של חובות חקוקות שונות מהמשפט המקומי והבינלאומי. לתביעה מצורפת חוות דעת פסיכיאטרית הקובעת כי התובע סובל מתסמונת פוסט טראומטית המגבילה את תפקודו וכושר השתכרותו, וקבעה לו נכות של 30%.
לצפייה בתביעה שהגיש המוקד: ת.א. 1278/05 – מנאסרה נ' מדינת ישראל