בג"ץ קיבל עתירה נגד חוקיות תוואי גדר ההפרדה שיצרה את מובלעת אלפי מנשה. נקבע כי התוואי פוגע באופן לא מידתי בזכויותיהם של התושבים הפלסטינים בכפרים שנכלאו בתוך המובלעת ונותקו משטחי הגדה המערבית, ועל כן יש לפרק את הגדר באזור ולקבוע תוואי שפגיעתו בחיי התושבים פחותה. יחד עם זאת נפסק כי על פי המשפט הבינלאומי המפקד הצבאי מוסמך להקים את הגדר בתוך השטח הכבוש גם לשם הגנה על המתנחלים. בג"ץ גם דחה את קביעות חוות הדעת של בית הדין הבינלאומי בהאג, שהתבססו, לדעתו, על תשתית עובדתית לא מספקת.