ביום 31.5.07 הגישו חמישה ארגוני זכויות אדם עתירה לביהמ"ש, בה הדגישו את חשיבות פרסום הנהלים, שכן מינהל האוכלוסין במשרד הפנים הוא מנגנון עתיר כוח האוצר בסמכויותיו את מימושן של הזכויות והחירויות היסודיות ביותר של מי שנמצאים בישראל. פקידי המינהל מנהלים את מרשם האוכלוסין, מנפיקים תעודות זהות ודרכונים, ובידיהם הסמכות לתת לאדם, שאינו אזרח ישראל, אשרת כניסה ורישיון לישיבה בה. כן נתון בידיהם הכוח לקבוע תנאים למתן מעמד בישראל, לשלול מעמד שניתן, להחליט על גירוש בני אדם מישראל ולהורות על החזקה במשמורת עד לגירוש.
משרד הפנים המשיך וטען כי נהליו מפורסמים באינטרנט, אולם ה"פרסום" באתר האינטרנט של משרד הפנים אינו פרסום כנדרש על פי הוראות החוק: נהלים רבים אינם מפורסמים כלל (כמו נוהל הסדרת מעמדם בישראל של ילדים לתושבים); הנהלים ש"מפורסמים", מפורסמים באופן חלקי ומשום כך מטעה (כמו נוהל ביטול אזרחות ישראלית); והנהלים ש"מפורסמים" אינם מעודכנים (כמו הנוהל לטיפול בהסדרת מעמדם של הורים קשישים לאזרחים ישראלים). יתרה מזו, שני נדבכים מרכזיים בקובץ הנהלים הם הוראות הלשכה המשפטית של משרד הפנים והנחיות של הפקידים הבכירים במשרד. הוראות והנחיות אלה אינן מתפרסמות, אף שמדובר בנהלים לכל דבר ועניין, לפיהם פועל מינהל האוכלוסין (כמו, למשל, ההוראה המעגנת את הקריטריונים למתן תושבות קבע בישראל).
ביום 5.12.07 קיבל בית המשפט המחוזי את עתירת הארגונים על כל חלקיה, וקבע כי משרד הפנים פועל בניגוד לחוק ובצורה לא תקינה המתפרשת על שנים ארוכות. ביהמ"ש קבע כי ההשפעה הגורלית של החלטות משרד הפנים על חיי אזרחי המדינה ותושביה, מדגישה את הצורך בפרסום הנהלים בצורה ברורה ובאופן מיידי. על כן, יש להעמיד בכל לשכה של משרד הפנים את הנהלים השלמים והמעודכנים לעיון הציבור, ולפרסמם באתר האינטרנט.