עקב פניית המוקד להגנת הפרט, הודיע היועץ המשפטי של משרד התיאום והקישור בעזה על ביטול מדיניותו החדשה של משרד הפנים, לפיה אולצו אזרחים ישראלים ותושבי ירושלים המזרחית להציג דרכון או תעודת מעבר בכניסה לעזה דרך מחסום ארז

במשך שנים נהוג היה כי כניסת ישראלים אל שטח רצועת עזה מותנית בקבלת היתר כניסה ממפקדת התיאום והקישור ברצועה, ובהצגת תעודת זהות במחסום ארז. בעקבות דיווחים כי כעת דורשים במחסום ארז להציג דרכון ישראלי או תעודת מעבר, הודיע משרד הפנים למוקד ביום 1.2.07, כי לא חל שינוי במדיניות הקיימת, וכי אין זו אלא "הטמעת הצורך בהצגת דרכון ישראלי על ידי אזרחים ישראלים המגיעים למעבר ארז". אולם, למוקד נודע כי לא זו בלבד שאזרחים ותושבים נדרשו להצגת תעודת מסע בכניסה לרצועה, אלא הם אף נדרשו להפקידה במחסום. דרישה זו אינה חוקית, ומהווה פגיעה חריפה בזכותם של אזרחים ותושבי ירושלים המזרחית לחופש תנועה. ביום  19.2.07 פנה המוקד להגנת הפרט למשרד הפנים בדרישה לחדול ממדיניות לא חוקית זו.

אולם, לא זו אף זו; למוקד נודע כי ישראלים הנשואים לתושבי רצועת עזה ושוהים בה בהיתרים המתחדשים מדי חודש (לפי נוהל "משפחות חצויות"), התבקשו אף הם להציג דרכון או תעודת מעבר כתנאי לחידוש היתרי השהייה ברצועה. דרישה זו, הכרוכה ביציאה לישראל ובהמתנה להנפקת המסמכים לעיתים למעלה מחודש, הינה נטולת כל בסיס משפטי, ומתעלמת במפגיע ממחויבותם של אזרחי ותושבי ישראל למשפחותיהם, לילדיהם ולעבודתם. שינוי המדיניות נעשה ללא פרסום ראוי, מבלי שניתנה לציבור הודעה מוקדמת על השינוי בנהלים ואף ללא שנקבעה תקופת מעבר כלשהי.

זאת ועוד, לאחרונה החלו פקידי משרד הפנים בירושלים המזרחית להחרים את תעודות הזהות הישראליות של נשים ממשפחות חצויות, שהגיעו כדי לקבל תעודות מעבר. זאת, על אף העובדה כי החוק אינו מתיר לפקידים להחרים תעודות זהות במקרים כגון אלו. המוקד פנה ביום 19.2.07 למשרד הפנים ודרש לחדול ממדיניותו זו, ולהשיב לנשים את תעודות הזהות שהוחרמו.

חרף טענותיו הנשנות של משרד הפנים כי אין נהלים או הנחיות חדשות, ובעקבות פניות המוקד לגורמים שונים, הודיע היועץ המשפטי של מפקדת התיאום והקישור ברצועת עזה, ביום 8.3.07, כי "על-פי הנחיית משרד הפנים מתאריך 01.01.07, התבקש כל תושב או אזרח ישראלי המבקש להיכנס לרצועה להפקיד דרכון ישראלי/תעודת מעבר". בהודעת יועמ"ש מת"ק עזה אף נודע למוקד, כי הנחיית משרד הפנים (שעל פי משרד הפנים כלל לא הוצאה) בוטלה בתאריך 18.2.07. כך בוטלה אף ההנחיה לגבי החרמת תעודות הזהות בלשכת משרד הפנים בירושלים. גם הפעם לא טרח משרד הפנים להודיע לציבור על ביטול ההנחיות, ועל השינוי בדרישות להצגת מסמכים בכניסה לרצועת עזה.

התנהלותו הסותרת של משרד הפנים גרמה לאזרחים ותושבים רבים לעזוב את משפחתם וילדיהם ברצועה כדי לקבל תעודת מעבר או דרכון ישראלי, הליך שארך שבועות ארוכים ותבע הוצאה כספית מיותרת.

ואולם, הבעיה העיקרית שעלתה מהתנהלותו זו של משרד הפנים, נעוצה בכך שפעולותיו אלה התפרשו כהקדמה לשלילה גורפת של מעמד התושבות בישראל, מפלסטינים תושבי ירושלים המזרחית החולקים חייהם בין ישראל לעזה.