במהלך השנים הגיעו לידי המוקד להגנת הפרט תלונות ממשפחות של אסירים ותיקים, שאינן מצליחות לקבל היתרים לביקור אצל יקיריהן הכלואים. בדרך כלל התעוררה הבעיה משום ששמותיהם של אותם אסירים לא הופיעו עוד במרשם האוכלוסין בגדה המערבית, המנוהל במקביל הן על ידי הצד הישראלי והן על ידי הצד הפלסטיני. מבירורים שערך המוקד, עלה כי פרטיהם של האסירים נמחקו מהמרשם בשל "חוסר פעילות".
בעבר הכיר היועץ המשפטי בגדה המערבית באחריותו למחיקה, והחזיר את שמות האסירים למרשם. אולם, ביום 26.2.07, בעקבות מקרים נוספים שהגיעו לידי המוקד ובעקבות פניית המוקד מיום 24.12.06 להחזרת הרישום על כנו, סירב הצבא לנהוג כבעבר, וטען כי בהתאם לנספח האזרחי של הסכם הביניים בין מדינת ישראל לרשות הפלסטינית, הועברו סמכויות המרשם לידי הצד הפלסטיני. עם זאת, ציין היועץ המשפטי, אם יחליט הצד הפלסטיני כי יש להשיב את הרישום, עליו להעביר בקשה כזו לצד הישראלי – והוא שיחליט כיצד לנהוג. המוקד טען, לפיכך, כי לא ברור מה פשר טענת הצבא, לפיה הועברו סמכויות הרישום לצד הפלסטיני, שהרי הצד הישראלי הוא שמחק את שמות האסירים מהמרשם, הוא שיחזיר אותם למרשם המנוהל על ידי ישראל, והוא שיתיר לרשות הפלסטינית להחזירם למרשמם.
במכתב מיום 12.3.07 דורש המוקד להגנת הפרט מהצבא לאתר את כל מי שרישומו הושמט, ולהשיבו למרשם האוכלוסין, שכן מחיקת הרישום שוללת לכאורה את מעמדם של האסירים, והיא מעידה על ניהול מרשם האוכלוסין בצורה כושלת ובלתי תקינה. עוד מובהר, כי אמנת ג'נבה הרביעית קובעת בסעיף 47 שאין לשלול ממוגנים הנמצאים בשטח כבוש את זכויותיהם, אף לא בשל "כל הסכם שנעשה בין רשויות השטחים הכבושים ובין המעצמה הכובשת".
לצפייה במכתב המוקד מיום 12.3.07
לצפייה במכתב הצבא מיום 26.2.07
לצפייה במכתב המוקד מיום 24.12.06
לצפייה בסעיף 47 לאמנת ג'נבה (הרביעית) בדבר הגנת אזרחים בימי מלחמה (1949)