הוראת השעה אינה מאפשרת לישראלים שנישאו לפלסטינים תושבי השטחים, או שיינשאו להם בעתיד, להגיש בעבורם בקשות לאיחוד משפחות, וכך היא מונעת מבני הזוג לחיות יחד בתחומי ישראל. ישראלים שנישאו לזרים שאינם פלסטינים תושבי השטחים יוכלו להגיש בעבורם בקשות לאיחוד משפחות כבעבר, ומדובר אפוא באפליה על פי מוצא אתני או לאומי. גם ילדים מעל גיל 12 שנולדו בשטחים, ואחד מהוריהם תושב מזרח ירושלים והאחר תושב השטחים, לא יוכלו להתגורר עם משפחתם בירושלים. לאחר שמשרד הפנים שינה את נוהלי הרישום של ילדים אלה במרשם האוכלוסין, גם עבורם יש להגיש היום בקשה לאיחוד משפחות, דבר שאינו אפשרי לפי הוראת השעה.